2004年11月25日，该行前桥支店的几名职员趁上司等管理人员不在的时候，在该年11月1日新发行的纸钞中，将其中认为具有稀少价值的四枚连码钞票取出，并将自己的非连码替换的事件，在基于民众告发的内部调查中得以确认。该行职员被处以最高一个星期的停职等的处分，日本银行也以机构的形式公开道歉。在报道中却称这是“非营利目的”“并非盗窃是替换，无金额上的实际损害”，强调这只是一件轻微事件，这缺少站在“金融机关的人在上司背后以个人的目的接触‘公家的钱’”的立场，最终以较轻的惩处收场。
2.独立性受到置疑
日本政府对日本银行决策的干涉由来已久，特别是在2000年日本经济出现走出紧缩的迹象，日本银行贸然加息导致经济重新步入衰退的情况下，政府的干涉更加频繁。2006年8月日本政府甚至违反常规，修改物价指数计算方法以压低通货膨胀率，从而降低日本银行再次加息的必要性。虽然日本政府虽每五年一次例行调整CPI编制方式，但这一次在时机上却令人怀疑，因为修改时间发生在货币政策出现历史性转折和CPI年增长率转为正值后不久。
3.2007年1月18日日本银行货币政策会员会会议前，市场曾普遍预期该次会议上日本银行将加息25个基点。但是随着日本政府官员的轮番口头劝导和派代表出息货币政策会议，日本银行终于屈服，以6:3的投票结果维持利率在0.25%的超低水平不变。
4.在发达国家中，一直信奉政府不能干预中央银行的原则，日本银行也标榜自己具有货币政策的独立性。但这次维持利率不变清楚地表明，日本银行的独立性远远不及其他西方国家，甚至有沦为政府附庸的嫌疑。
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